SAM3S包括兩個獨立的PLL模塊，對那些需要提供48 MHz USB時鐘，卻又很難從主時鐘頻率獲得的應用程序十分有利。除了32KHz RC振蕩器之外，SAM3S 還提供更快的內部 RC振蕩器，有4、8或12 MHz 的輸出頻率選項。該振蕩器從一開始就激活，提供初始4 MHz主時鐘頻率。它的主要作用是根據系統時鐘來配置快閃的等待狀態。愛特梅爾已經簡化了嵌入式快閃控制器接口。使用前幾代產品時必須注意主時鐘頻率的快閃控制器，至少當應用程序在快閃存儲器頁面執行寫操作時應該如此。而SAM3S則不需要。

　　有好些外設模塊，包括功率管理控制器，都具有保護功能，幫助其避免對任務關鍵型寄存器(例如時鐘頻率設置)的無意寫入訪問。為了把新數值寫入具有這種保護方式的寄存器，密鑰必須與預設置一起寫入。如果密鑰匹配硬編碼參考值，則只有新數值被接受。

　　NVIC的引進也帶來一個副作用，就是結合了系統外設(如PIT、RTT、WDT 和 DBGU)中斷請求線的共享系統中斷也變得多余了。在前幾代成品中，系統中斷服務程序首先必須確定負責當前中斷請求的中斷源。 但在SAM3S的情況下，每個系統外設都已接收到了它自己的中斷向量，而相關的服務程序能夠利用其內部關于中斷源的知識對正確的中斷提供服務。中斷控制器的配置也自然相應改變。 在設置了處理器的內核異常(IRQs 0 - 15)和初始堆棧之后，外設的中斷向量就被存儲。 激活/禁用單個中斷、定義它們的優先級、通過軟件觸發中斷等功能，由一個統一的軟件界面，即Cortex微控制器軟件界面標準(CMSIS)來提供。 更甚者，中斷服務程序不再需要專門的序言和結語(prologues and epilogues)，因為服務程序作為普通函數被執行。中斷控制器與內核的集成還具有一個優勢，即不同于ARM7和ARM9器件，SAM3S沒有偽中斷。當中斷線激活時間很長，足以觸發一個中斷時，就有可能發生偽中斷。但若激活時間過短，在中斷來源被確定之前中斷就消失了，中斷控制器就無法為內核提供正確的中斷向量。

　　周期性間隔定時器(PIT)也不再存在，因為Cortex-M3將自己的SysTick定時器嵌入在了內核中。 只要PIT原來是通過其相關ISR用于增量計數器的，移植到SAM3S就十分容易：完全能夠把ISR分配給適當的中斷向量，確保選擇正確的時鐘源，并選擇所期望的重載值。 這將適用于99%的應用。

　　關于PIO控制器，需要進一步的修改，因為封裝引腳多路復用現在支持4個而不是2個可發送到每個引腳的外設信號。 另外，每個引腳可作為帶可編程極性的邊沿敏感或電平敏感中斷源。

　　調試單元(DBGU)也消失了。這個外設整合了幾個功能：一個用于消息跟蹤的串行端口;一個芯片ID寄存器，用于通過軟件或JTAG識別確切的控制器特性;一個連接ARM7TDMI調試數據通道，并訪問愛特梅爾的快閃編程解決方案的接口。這些功能現在都由一個自包含CHIPID模塊和一個UART提供。

　　在做了所有這些修改之后，用于SAM3S的CompactECC樣本應用程序就算最終完成。