PCI總線使用并行總線結構，在同一條總線上的所有外部設備共享總線帶寬，而PCIe總線使用了高速差分總線，并采用端到端的連接方式，因此在每一條PCIe鏈路中只能連接兩個設備。這使得PCIe與PCI總線采用的拓撲結構有所不同。PCIe總線除了在連接方式上與PCI總線不同之外，還使用了一些在網絡通信中使用的技術，如支持多種數據路由方式，基于多通路的數據傳遞方式，和基于報文的數據傳送方式，并充分考慮了在數據傳送中出現服務質量QoS (Quality of Service)問題。