刻蝕即通過物理或化學的方法去除非光刻膠或硬掩膜覆蓋區域的材料。通常有兩種方法，分別為干法刻蝕和濕法刻蝕，它們各有優缺點。但對于工藝靈活性、刻蝕精確度和可重復性等方面來說，干法刻蝕居主導地位。

對于SOl波導(尤其是矩形單模波導)或者光子晶體的制作來說，由于其波導尺寸極小(波長量級)，在波導壁也具有較多光場分布，這時刻蝕工藝對波導傳輸損耗的影響就相當大了，所以這種小尺寸波導的刻蝕工藝需要嚴格控制其側壁粗糙度，使其盡量光滑，以使其光損耗盡量減小。減小波導側壁粗糙度的具體方法可參考波導損耗一節。

濕法刻蝕雖然能保證波導側壁比較光滑，但其條寬控制較難，尤其是在波長量級的尺寸上。所以這種方法很少采用。

另外，刻蝕工藝對波導寬度的影響也很重要，理由同光刻。