廣義的來說，FPGA的配置包括直接使用下載電纜對FPGA器件進行編程、對外部EEPROM和FLASH進行編程、使用MPU對FPGA器件進行編程、外部EEPROM和FLASH對器件進行編程等。

　　FPGA器件配置方式分三大類：主動配置、被動配置和JTAG配置。

　　主動配置：由FPGA器件引導配置操作過程。

　　被動配置：由計算機或控制器控制配置過程。上電后，控制器件或主控器把存儲在外部存儲器中的數據送入FPGA器件內，配置完成之后將對器件I/O和寄存器進行初始化。初始化完成后，進入用戶模式，開始正常工作。

　　一旦設計者選定了FPGA系統的配置方式，需要將器件上的MSEL引腳設定為固定值，以指示當前所采用的配置方式。

　　常用的配置方式有：

　　PS配置（Passive Serial ConfiguraTIon）：被動串行配置

　　AS配置（AcTIve Serial ConfiguraTIon）：主動串行配置

　　PPS配置（Passive Parallel Synchronous ConfiguraTIon）：被動并行同步配置

　　FPP配置（Fast Passive Parallel Configuration）：快速被動并行配置

　　PPA配置（Passive Parallel Asynchronous Configuration）：被動并行異步配置

　　PSA配置（Passive Serial Asynchronous Configuration）：被動串行異步配置

　　JTAG配置（Joint Test Action Group Configuration）